為了管理、備份及系統升級上的考量，MailGates會在系統中建立一獨立新目錄（/mailgates）作為儲存空間，所有與 MailGates 相關的資料及設定檔，都存放在此一目錄下。安裝完成之後，系統內會有 /mailgates這個目錄，內含所有系統的初始設定值。根據功能區分，/mailgates下有數個子目錄，節錄重要目錄如下：

l   MailGates提供Web介面管理工具，建議在未充份了解系統運作之前，請勿任意修改系統資料及目錄架構，以免造成系統無法正常運作。

l   基於安全性及擴充性的考量，MailGates 僅採用一組系統webmail使用者帳號與webmail群組。所有提供的電子郵件位址，均為MailGates產生的虛擬帳號，無相對的系統帳號。因此，所有的MailGates資料或設定檔的「擁有者權限」都是webmail帳號，而「群組權限」則為webmail群組。請以該權限讀取或修改相關檔案，也請特別保護這個帳號的安全性，以免造成安全上的顧慮。